公元前213年（秦始皇34年），秦始皇为了去年添了桂林郡、象郡、南海郡，今年大将蒙恬又把匈奴打败了，添了一个朔方郡，两年来增加了四个郡，开展了国土，就在咸阳宫里开了一个庆祝会。大臣们全给他敬酒，祝他健康。其中有个大臣叫周青臣，还预备了一篇庆祝的话，大意是：“从前秦国只有一千里的地界，如今凭着皇帝英明的作为，平定海内，统一天下；把列国诸侯都废了，改为郡县，边界上的蛮夷也全轰走了；统一规定了国家的法度；车和轨道有了一定的尺寸，文字有了一定的标准。天下人民都能够安居乐业，再也受不着打仗的苦处。自古以来有哪个君王干过这么伟大的事业？”秦始皇听了，挺得意。那位儒生的头儿齐国人淳于越心里一想：“再要不反驳，可就没有机会了。”他站起来，说：“周王把土地分封给子弟和功臣，叫他们共同辅助朝廷。周朝享受了八百多年的天下。如今皇帝得了天下，可是自己的子弟和功臣们连一块土地也没有。万一有几个郡县出了事情，可怎么办呐？不论干什么，要是不把古人当做老师，是长不了的。刚才青臣的话全是奉承皇帝的，叫皇帝离开正道。这种小瞧古人，当面奉承人的人决不是忠臣！”秦始皇一见两位大臣争吵起来了，就问别的大臣有什么意见。
李斯站起来，说：“五帝的事业各不相同，不是把前一个人的事照样再来一下子；三代的制度也不一样，不是每一代都把前一代的制度再抄一遍。这不是说他们不愿意向古人学习，偏要来一套新奇特别的花样；完全是为了时代变了，办法当然也就不一样了。如今皇帝所创造的伟大的事业是从古以来没有过的。一般儒生连听都没听说过，想也想不到。他们懂得什么呐！淳于越所说的是三代时候过去的老账，到了今天还有什么用处呐？从前列国散乱，诸侯胡打一气，那些念书的人就假造圣贤，托古说教。不是说古代怎么怎么好，就是说如今怎么怎么坏。诗书百家议论纷纷。实在说来，一点用处都没有。这批念书的人根本就不会动手出力，不去钻研实在的学问。他们不知道怎么耕地，怎么种菜，怎么栽树，怎么治病，怎么管理百姓，怎么执行刑法——这些个他们都不懂得，也不往深里钻研。他们就知道背熟了几篇古文，凭着一张嘴，批评朝廷，颠倒是非，想起什么说什么。如今天下一统，制度划一了，只要注重法令，劝导农工，叫他们拿出力气来就是了。最要紧的是起来干活儿，不是坐着说废话。朝廷的法令，应当受人尊敬，才有用处。可是这批儒生一看见新法令，就拿出古书来对照一下，瞧瞧古时候有没有这种法令。要是古书里找不着根据，他们就你一言，我一语地议论个没完。有的还胡造谣言，毁谤朝廷。这么下去，国家还像个样儿吗？一切应当改革的事情还能办得下去吗？因此，我请求皇帝下命：除了秦国的历史和那些有用处的书，像医药、占卜、种树、法令这些，其余的诗、书、百家的言论，全给烧了。谁要私藏就治罪；口头传说这种书的就是死罪；拿古代的议论来反对现在的法令的也是死罪。我的话完了，请皇帝决定。”
大臣们听完了李斯的这篇大道理，有的不敢反对，有的说不出反对的理由，大伙儿瞧见秦始皇听一句，点一点头，他们也只好随着点点头。秦始皇就批准了李斯的建议，马上下令烧毁诗、书、百家的书籍。那些儒生一见势力完了，有嘴不能说，有笔不能写，只好在背地里商量办法。
秦始皇虽说是个能人，可是他的事情实在太多了。天下的事情，一个人哪儿办得了呐？兼并六国以后，他差不多每年都亲自出去到各处巡游。从西北到西南，从北方到南方，从西边到东边，中国主要的高山、大河他差不多都走遍了。他为了要把国家大权都拿在自己的手里，不得不亲自批核各郡县的奏章公文。一干就是半夜，还不能休息。天天这么下去，他就是铁打的也受不了。他不但要吃强身健脑的补药，还想找长生不老的仙方。俗话说：“做了皇帝要做神仙。”这话对秦始皇来说，一点不假。一些做补药买卖的商人和走江湖的方士就都想发笔大财。有的拿了不三不四的土方子，做了丸药，就说是仙丹；有的向皇帝骗了一笔钱财，说是替他去采办仙药。这么一来，真正有灵验的补药还没办到，秦始皇想当神仙的消息可就传遍了天下了。那批方士骗了钱财，求不到仙药，就怕秦始皇一旦办他们的罪。因为秦国有条法令：方士试验不灵的，重的定死罪。方士的头子侯生和卢生就在背后跟儒生们说：“始皇帝是个暴君。在他的手下，博士也好，方士也好，算卦详梦的也好，看星星看气象的也好，反正只能说奉承的话，可不能批评他的过错。他这么贪于权势，我们就没法儿替他求仙药。”儒生和方士本来老混在一起，这会儿由于侯生和卢生背地里反对秦始皇的，那批儒生引经据典地又批评起秦始皇来了。
秦始皇一听见那些儒生和方士又议论起来了，就派心腹暗地里去探听他们的动静。他还准备逮捕一些反对他的人，头一个就是侯生，第二个就是卢生。他正打算派人去抓他们，没想到这两个人早就跑了。秦始皇这才知道原来他们还有内线。他就叫御史把那些有反对皇帝嫌疑的儒生和方士拿来审问。哪儿知道这批人还没受拷打，就直打哆嗦，东拉西扯地供出了一大批人来了。审问下来，秦始皇把那些认为犯禁的四百六十几个人都活埋了，把那些犯禁的情形次一等的都轰到边疆上去开荒。秦始皇杀了这一小撮［cuo一声］儒生和方士，不但从此跟孔、孟一派的儒家结下了怨仇，而且后来的人也多随声附和，把他当作典型的暴君。
大儿子扶苏为人厚道，劝告他父亲别这么对付儒生，他说：“这些儒生都是效法孔子的，现在拿这么严重的刑法处理他们，我担心天下不安。”秦始皇认为扶苏不懂这些事，乱党不，怎么能治理天下呐？他叫扶苏到上郡去监督蒙恬的军队。扶苏的想法可跟他父亲不一样。他总觉得焚书坑儒究竟是个暴行。他怕这么下去，天下怎么能太平得了！扶苏哪儿知道：焚书坑儒对于天下的老百姓关系不算太大，可是如果秦国的统治对老百姓加紧压迫，一味暴虐的话，它的统治也就长不了。旧六国贵族还不肯死心，他们随时随地还想恢复原来战国的局面，天下也就不能太平了。