在王小波的眼中，《万历十五年》这本书就像是一篇不经意间展开的历史篇章，讲述的是1587年的中国，那一年虽然平淡无奇，但却是明朝发展的一个重要节点。黄仁宇认为，民穷并非完全由于国家赋税过重，而在于法律和政府的低效率，以及道德代替法制的情况达到极点，他通过《万历十五年》来强调这一观点。

那一年的明朝重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们各有所长，却都以悲剧收场。即使是万历帝，也只能无为而治，在这种体制下无法真正施政。这些人的命运反映出体制惯性的力量带来的悲哀，他们试图改革但终究失败，大多数人遭受革职甚至入狱。这群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技革新和商业发展陷入停滞。

文官集团的统治让整个大明帝国走向不幸，这场夺权更是加速了其衰败。在历史上，万历十五年似乎只是平凡的一年，但其中隐藏着容易被忽略的小事件，它们看似不起眼却实则关乎前事后果，是未来动荡波澜的种子。《万历十五年》的书中通过对关键人物的描绘，我们看到了这个王朝末日的悲剧命运，历史最终将这些帝王将相遗忘。

黄仁宇批评了中国依赖意识形态作为统治手段，这种做法不能取代技术，更不可取代法律。他指出，明朝特征之一就是意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。而从那以后开始，即便与西方世界之间仍有差距，但中国已经步履蹒跚地向着沉沦之路邁进，而西方则正在崛起之旅中不断前行。