在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座建筑物被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。

19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去了意大利的大片领土。1870年普法战争爆发后，拿破仑三世调回其军队，使得意大利王国军队顺利占领罗马城，并完成了意大利的统一，而教宗退居梵蒂冈宫中。随后的历代教宗对新生的意大利王国持敌视态度，不准信徒参与国家事务。

1929年2月11日，墨索里尼首相与庇护十一世签订《拉特兰条约》，承认梵蒂冈为主权国家，其领土位于梵蒂冈城，为中立国，其主权属教宗。这次协议解决了长期以来的纷争。第二次世界大战期间，梵蒂冈保持中立，当时由庇护十二世担任领导人。在2009年1月1日之后，由于认为意大利法律过于繁杂且不符合天主教信仰，一些法律不再自动适用于梵蒂冈。

梵蒂冈拥有独特的旗帜和徽章，其中黄白两色的旗帜象征着金银两种珍贵金属，同时也是瑞士卫兵帽徽颜色；背衬红色的保禄六世皇徽则代表了曾经在天主教堂中的重要位置。此外，该徽章包括三重冠和交叉钥匙，用以象征最高权力和圣彼得赋予的一切地上及天上的权力，以及《马太福音》中的话语："我要把天国的钥匙给你..."