在苏武出使匈奴的第二年，汉武帝命贰师将军李广利率三万大军对抗匈奴，但遭遇了惨败。同时，李广的孙子李陵带领五千步兵与匈奴作战，他虽然英勇善战，但最终被单于包围，被迫投降。这个消息震惊朝廷，汉武帝下令监禁李陵的家人，并召集大臣讨论他的罪责。

司马迁作为太史令，被问及此事，他认为尽管李陵失利，但他深入敌境、击杀了大量敌人，因此也能为自己辩护。他可能有更大的计划来赎罪报效皇上。但是，汉武帝误解司马迁的话意图，不满他的辩护，将其下狱并审问，最终定罪受刑。

司马迁在监狱中反思自己的处境和未完成的事业——撰写《史记》，这部历史巨著记录自黄帝至汉高祖刘邦时代的大事，这是中国古代最伟大的文学作品之一。由于家庭世袭担任史官之职，从小就接受良好的教育和训练。游历各地搜集资料，为后来的写作打下基础。在成为侍从官后，又随着皇帝巡视各地，并参与视察巴蜀昆明一带。

尽管因替李陵辩护而得罪皇帝，受到肉刑罚，但是他坚持不放弃创作梦想，就像周文王、孔子、屈原等人在困境中创作了经典一样。他利用这一时期编纂了一百三十篇、五十二万字的《史记》，以详尽叙述古代人物事迹，对农民起义领袖陈胜吴广给予高度评价，同时改写文献中的艰深文字，使之通俗易懂。因此，《史记》既是一部杰出的历史著作，也是一部文学瑰宝，在中国文化中占有一席之地。