在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，该建筑被改造成今日的圣伯多禄大殿，成为了天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围区域赠予教宗，这标志着“丕平献土”，后来形成了半世俗政体型态的“教宗国”，涵盖意大利半岛中部的大部分地区。

19世纪，随着欧洲民族主义的兴起和意大利民族统一运动的推进，圣座失去了在意大利的地位。1870年普法战争爆发后，由于拿破仑三世调走驻扎在罗马的军队，意大利王国军队顺利占领罗马城，从而完成了意大利统一。此时期内，被迫退居梵蒂冈宫中的教宗与新成立的意大利王国关系紧张。

1929年2月11日，《拉特兰条约》签订后，梵蒂冈获得了作为主权国家的地位，其领土仅限于梵蒂冈城，即使面对第二次世界大战期间保持中立。2009年1月1日，“不自动采纳意大利议会通过法律”的声明表明了梵蒂冈对于自身法律独立性的坚持。

梵蒂冈城市邦拥有两色旗帜，一侧为黄色，一侧为白色，上方绘有交叉钥匙和三重冠徽记象征着金、银及红色的珍贵金属，同时代表瑞士卫兵帽徽颜色；其国家徽章则是背衬红色的保禄六世皇徽，以红色象征其曾经在天主教堂中最显眼的一种颜色。

自称地球上的代表者，是历史悠久、权力众多的罗马天主教神职人员，他们掌握立法、司法和行政权力，而那两把交叉钥匙，则象征着向圣彼得授予所有上下界限之钥，为《马太福音》所载：“我要把天国的钥匙给你。”