在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座建筑物被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。

19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去了意大利领土。在这种背景下，拿破仑三世以“保护者”之名出兵保护罗马，但普法战争结束后，他撤军，使得意大利王国军队顺利占领罗马城，并完成了国家统一。随后，教宗退居梵蒂冈宫中，与新生的意大利王国关系紧张。

1929年，《拉特兰条约》签订，将梵蒂冈城定为独立主权国家，其领土神圣不可侵犯。这份协议解决了与意大利政府之间长期存在的问题。第二次世界大战期间，梵蒂冈保持中立，并由庇护十二世担任教宗。

近代时期，尽管《拉特兰协议》规定梵蒂冈应当自动采纳意大利法律，但2009年1月1日起，不再自动执行，以避免与天主教信仰相冲突的法律。此外，由于历史原因和文化差异，一些专家认为此举是对传统的一种调整，而不是完全割裂。

梵蒂冈拥有独特的旗帜和徽章，其中黄白两色的颜色源自18世纪以来瑞士卫队帽徽，以及1808年的某个时间点。而其官方标志则是背衬红色的保禄六世皇徽，该图案象征着作为地球代表者的最高权力，同时也包含了一段《马太福音》的引用，即把天上和地上的所有权力都交给圣彼得。