他曾是江浙行省儒学提举的柯谦子，名叫柯九思，字敬仲，号丹丘生，又号五云阁吏。他的家乡在台州仙居（现在是浙江省的一部分）。父亲柯谦曾任翰林国史检阅和江浙儒学提举，是元朝中较为显赫的一个官宦家族。大德元年，他随父亲迁到钱塘（现在的杭州）。延佑元年，他以父荫补华亭县尉，但没有就职。他自幼聪明过人，被誉为神童，对书画有着深厚的兴趣。

天历元年，他游学建康，在那里结识了怀王图帖睦尔。后来，图帖睦尔继位称帝，是为文宗。在文宗时期，他被授予典瑞院都事这个职务。这是一个负责管理皇宫中的宝物和玉器的位置。

天历二年，为了仿效宋朝的阁学制度，柯九思被提升为奎章阁鉴书博士。他专门负责宫廷里珍贵的金石书画鉴定工作。在他的鉴定下，有许多古代名作被收入内府，如王献之《鸭头丸》、虞世南临《兰亭序》、杨凝式《韭花贴》等。皇帝特意对他进行了表彰，并赐予他“牙章得通籍禁署”的荣誉，与虞集、揭傒斯一起成为了文宗时代奎章阁最著名的人物之一。

然而，由于朝中官僚之间的嫉妒以及文宗去世，他不得不离开京城回到吴下流寓松江（现在上海市的一部分）。

除了文学创作能力外，柯九思还擅长绘画，以其作品中的“神似”而闻名。他特别擅长画竹，并受到赵孟頫影响，以书法入画，这一点体现出了他的独特风格。他收藏了一些魏晋人的书法作品，如晋人写下的《曹娥诗》，也有宋人的精品，如苏轼《天际乌云帖》和黄庭坚《动静帖》等，这些经他鉴定的作品至今仍然备受推崇。他的书法风格融合了欧阳询笔法之外，还带有一种魏晋人的韵味，使字体既严整又恬淡雅逸，让人感受到一种雄厚而挺拔的情怀。

存世的手迹包括《老人星赋》、《读诛蚊赋诗》、《重题兰亭独孤本》，这些都是展示他艺术才能的地方。