王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是中国封建王朝发展的关键时期。传统上，关于明史的叙述往往强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，这并非国家赋税过重所致，而是法律和政府效能低下的结果。两千年的中国历史中，以道德取代法制到了明代达到极点，他撰写《万历十五年》的目的，便在于证明这一观点。

在这个时期，有如张居正、戚继光、申时行和海瑞等重臣，他们每个人都有自己的特点，但最终以悲剧收场。即便是万历帝，在这种体制下，只能采取无为而治的态度。这一切揭示了强大体制惯性的悲哀。

他们试图进行改革，但最终失败，大多数人遭遇革职入狱之辱。一群文官为了维持集团平衡，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对于整个国家来说，无疑是一个不幸的开端。而文官与宦官之间夺权，更是加速了大明王朝走向衰败。

历史上，万历十五年看似平淡无奇，却隐藏着许多容易被忽视的小事件，它们虽显微不足道，却是导致后来重大事件发生的关键，也预示着将来的风云变幻。这一系列因果关系恰恰成为了历史研究中的重点。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个没落王朝深刻的人物命运，以及由此产生的一系列悲剧故事。

尽管黄仁宇在书中已经批判透彻了以道德替代法律的情况——道德并不完美，不足以替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前未有的水平。

从那以后，一种不可逆转的情景出现了：东方帝国开始衰落，而西方帝国崛起。那一年标志着中国与西方之间差距不断扩大的一个分水岭。