王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，不仅见证了许多划时代的事件，也是中国封建王朝发展的一个重要节点。过去的明史叙述中，“民穷”的根源往往被归咎于国家赋税过重，但黄仁宇提出了不同的看法，他认为，这种贫困的根本原因在于法律和政府能力不足。两千年的中国历史，到了明代，以道德取代法制达到极点，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，便是在于阐述这一观点。

在那一年，大明朝的重臣们如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都以悲剧收场。在这种文官集团体制下，即使是皇帝自己也只能无为而治。这体现了强大的制度惯性所带来的悲哀。这些人物各有特长，却又试图进行改革，最终失败，有的人甚至遭受革职或入狱。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。而文官与宦官之间权力的斗争更是致命打击，大大加速了大明王朝的衰落。

从历史角度来看，万历十五年只是平淡的一年，但就在这一年的背景下发生了一系列容易被忽略的小事，它们似乎微不足道却实际上揭示了前此重大事件背后的症结，也预示着将要引发未来的波澜。这些因果关系恰恰成为历史研究中的重点焦点。

通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展现了这个帝国末日前的悲剧命运，历史最终让这些帝王将相遗忘。在这部作品中，黄仁宇批判了以道德替代法律的情况——道德并非无用，它无法取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝之所以特别，在于它依赖意识形态作为统治手段，使得意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。

自那一年起，比西方帝国崛起更加显著的是东方帝国走向衰败。大明朝与西方世界间的差距越拉越远，而他们内部则开始感受到沉沦之痛。