王小波曾经评价《万历十五年》为“不新的书”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里中国封建王朝的发展达到了一个重要节点。传统上关于明史的叙述往往以“税重民穷”为主题，但黄仁宇认为，民众贫困的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律缺失和政府效率低下。自古以来，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就在于证明这一点。

当时的明朝重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都有着不同的故事，都以悲剧收场。即使是万历帝，他也只能无所作为地任命官员。这体现了强大体制惯性的悲哀。在这种文官集团体制下，每个人都试图进行改革，但最终失败，大多数人遭受革职或入狱的处罚。一群文官为了维护集团利益，让国家武备、科技创新和商业发展停滞不前。而文官与宦官之间的权力斗争，加速了大明王朝衰败。

历史上，万历十五年的确平淡无奇，但这一年中发生了许多容易被忽视的小事件，却是以前重大事件的问题也是未来可能引发动荡的情景。这些因果关系，就是历史研究中的重点。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展现了这个帝国末日时代的人物悲剧，以及他们无法改变命运的事实。

尽管黄仁宇批评道德不能完全替代技术，更不能替代法律，他认为明朝特征之一便是在依赖意识形态作为统治手段，并且意识形态渗透到帝国各个方面，是前所未有的广泛与深入。在万历十五年的那一刻起，中国与西方之间的差距越来越显著：西方帝国崛起，而东方帝国开始走向衰落。