在苏武出使匈奴的第二年，汉武帝命贰师将军李广利率三万大军对抗匈奴，但遭遇了惨败。同时，李广的孙子李陵带领五千步兵与匈奴作战，他虽然英勇善战，但最终被单于包围，被迫投降。这个消息震惊朝廷，汉武帝下令监禁李陵的家人，并召集大臣讨论他的罪责。

司马迁作为太史令，被问及此事，他认为尽管李陵失利，但他深入敌境、击杀了大量敌人，因此也可以为自己辩护。他可能有更大的计划来赎罪。此说激怒了汉武帝，他认为司马迁为之辩护是反对朝廷，便将其下狱并审问。

司马迁因而受到了腐刑判决，由于无法赎罪，只能接受处罚。这一事件让他感到羞愧，但是他知道自己正处在撰写《史记》的关键时期，这部著作后来成为了中国古代最伟大的历史作品之一。

司马迁家族世代担任史官，其父亲司马谈也是太史令。自十岁起，他便跟随父亲学习，从小就阅读了许多书籍。在二十岁时开始旅行各地搜集资料和开阔视野。他访问过浙江会稽、大禹召集部落首领的地方；长沙汨罗江边凭吊屈原；曲阜考察孔子的遗迹等，以丰富自己的知识基础。

后来成为侍从官，随皇帝巡行各地，又被派往巴、蜀、昆明一带进行视察。在继承父亲职位后的太史令期间，他收集的资料更多，为撰写《史记》打下坚实基础。

然而，在准备撰写前，就因为替李陵辩护而触犯汉武帝，被关进监狱并施以刑罚。面对这种境况，想到周文王、孔子等先贤即使遭遇困境依然创作出巨著之后，司马迁决定利用这段时间完成《史记》这一宏伟目标。这部作品从黄帝时代一直到公元前95年的历史，全收录130篇，每篇详尽叙述人物事迹，使其成为文学艺术和历史研究不可或缺的一部分。