在苏武出使匈奴的第二年，汉武帝命贰师将军李广利率领三万大军征伐匈奴，但结果遭遇了惨败。李广利狼狈逃回，而他的孙子李陵作为骑都尉，带领五千步兵与匈奴作战。单于亲自率领三万骑兵围攻李陵的部队，其士兵技艺高超、勇敢无比，却最终因寡不敌众，只有四百余人突围而出，李陵则被俘。

此消息震惊朝廷，汉武帝下令监禁了李陵的母亲和妻儿，并召集大臣讨论其罪行。大臣们谴责李陵为贪生怕死者，而太史令司马迁却为他辩护。他认为尽管战事失利，但杀伤敌人甚多，因此可以向天下交代。而且，他可能仍有复仇之心，以报答皇上。

然而，这番辩护激怒了汉武帝，被视为对宠妃哥哥 李广利 的轻视。在愤怒中，一声呵斥，将司马迁投入监狱，对其进行审问，最终判决他受腐刑（一种肉刑）。由于无法赎罪，司马迁只能接受处罚。

在这段艰难时期里，司马迁想到自己正在编写一部重要作品——《史记》，并意识到不能让自己的生命被剿灭。他考虑到了历史上的先例，如周文王在羑里所著《周易》；孔子在陈蔡所著《春秋》；屈原流放时所著《离骚》等等，都是在逆境中创作出来的。因此，他决定利用这段时间完成自己的工作。

经过几年的努力，司马迁终于完成了一百三十篇、五十二万字的巨著，《史记》记录从黄帝至汉武帝太始二年（公元前95年）的历史。这部书籍以其详尽的事迹叙述、人物描写和情节描述闻名，是中国古代文学与史学领域的一座丰碑，即便是身处囹圄，也未能阻挡他完成这一壮举。