1949年1月，王冠亚参加了中国人民解放军。在阜阳军分区文工队、安徽军区文工团以及南京军区前线歌舞团，他从事了多年的文艺工作。1956年5月，他转业加入了安徽省黄梅戏剧团，在那里担任表演、导演、编剧和创作组副组长，并曾是二团艺委会主任。1989年11月，王冠亚在这里结束了他的工作生涯。

1950年，王冠亚在安徽师范大学（原国立安徽大学）数学系获得本科学位。1965年，他在上海戏剧学院完成了戏曲导演干部进修班的学习。

在其职业生涯中，王冠亚曾经成功地指导过多部黄梅戏舞台剧，如《红楼梦》、《西厢记》等。此外，他还积极参与电视连续剧的创作改编工作。他一共创作并改编出了17部70集电视连续剧，其中包括《西厢记》、《貂蝉》、《桃花扇》，这些作品多次获得了大众电视“金鹰奖”、“飞天奖”，甚至还赢得了一些国际奖项，如美国南海金猴奖。

除了丰富的影视作品，还有一个值得一提的是他为黄梅戏舞台剧《孟姜女》的创作与导演，以及电影版《孟姜女》的创作。他还代表中国参加新加坡第二届中国电影节。这段时期对于他的个人艺术成就和对传统文化的推广都起到了重要作用。