在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，该建筑被改造成今日的圣伯多禄大殿，成为了天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围区域赠予教宗，这标志着“丕平献土”，后来形成了半世俗政体型态的“教宗国”，涵盖意大利半岛中部的大部分地区。

19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动导致梵蒂冈领土缩小。当时法兰西第二帝国皇帝拿破仑三世以身为“教会保护者”的名义出兵保护罗马城，但在普法战争爆发后，他调回军队，使意大利王国顺利占领罗马城，最终完成意大利统一。随后，历代教宗对新成立的意大利王国持敌视态度，即使不准信徒参与国家公职。

1929年2月11日，《拉特兰条约》签署，由墨索里尼与庇护十一世达成协议，将梵蒂冈城设立为独立国家，其主权属于教宗，并承认其神圣不可侵犯。在二战期间，梵蒂冈保持中立，以庇护十二世任期结束。2009年1月1日，当局宣布，不再自动采纳意大利议会通过法律，如果这些法律与天主教原则相冲突。

梵蒂冈拥有独特的旗帜和徽章，其中黄白两色代表金银，是耶稣十二宗徒长彼得钥匙颜色；红色象征着曾是天主堂中的最夺目颜色，而背衬保禄六世皇徽的人物图案具有深远意义。