1、民族服饰各异，回族的传统装束是阿拉伯风格的正统之选，它们以白布头巾（戴斯塔尔）为标志，垂于后脑勺。男女都着长衫，夏季穿白色，冬季换黑色。而维吾尔族女性则身着火红色的裙摆，而男性则配备绣花图案的上衣，并且他们的帽子与回族有所不同。

2、语言差异显著，维吾尔语属于阿勒泰语系突厥语族，而回族主要使用汉语，同时部分场合会运用阿拉伯语和伊斯兰教专用术语。维吾尔人在宗教用词方面则更倾向于波斯语。

3、两民族外观迥异，对于许多人来说，维吾尔人的面貌带有一丝欧洲人的影子，而回族人则更接近汉族人的特征。

4、尽管两者信仰同一位神，但在实践中存在诸多差异。在历史上，有时为了区分内地的回民与新疆地区的维吾尔，以及来华的阿拉伯和波斯穆斯林，他们被称作“缠回”。而内地信奉伊斯兰教的人，则被称作“汉回”。

5、关于祖源，一些学者认为维吾尔人的祖先是铁勒部和回纥突厥，这使得他们归属到突厥民族中，其历史悠久，从发源于阿尔泰山地区开始，最终定居在南俄草原。一段时间里，他们曾是柔然的一部分，但最终打败了柔然并迫使其西迁。这也意味着他们并不完全属于蒙古人种，而是有明显中亚雅利安特征，是白种人。而成吉思汗时期随军入侵并定居宁夏甘肃地区的是来自突厨及阿拉伯部落的人员，被称为初期的“回民”，随后还有许多本土汉人皈依伊斯兰教，也被归类为“回民”。直到解放前，这些信仰相同但身份不同的群体未得到官方认可，只是在解放后才正式确立了“哈萨克”这一民族名。