东北边疆防御体系崩溃

明朝在东北地区设立了辽东、宁远等总兵官衙，负责与蒙古、女真等民族的对抗。然而，由于腐败和军队弱化，明朝逐渐失去了对这一重要边疆地区的控制。这一失败导致了后来的李成梁击败努尔哈赤，建立清朝前提。

南京失陷与三藩之乱

南京是明初都城，其战略地位极为重要。但是在崇祯年间（1627-1644），由于内忧外患，最终被李自成领导的农民起义军占领。此次失陷不仅使得中央政府丢失了重镇，更激发了一系列地方势力的割据，如孙传庭、吴三桂、尚可喜所领导的“三藩”，进一步削弱了中央集权。

四川盐税改革失败

明末时期，为了增加财政收入，采取了一系列措施，其中包括盐税改革。然而，这些措施引起了大量反响，最终导致社会动荡和经济困难。这场改革虽然旨在增加国家收入，但却加剧了民众负担，加速了封建统治秩序的瓦解。

科举制度衰落与士人流离失所

科举考试是明代选拔官员的一种主要方式。在晚期，由于考题狭隘，以及科举制上的弊端，如贿赂现象普遍，一时间出现了一批合格人才无法通过考试而流离失所。这种状况严重影响到国家的人才储备，使得行政管理层次空虚，加剧社会矛盾。

自然灾害连续发生及疫病蔓延

明末至清初，是中国历史上一次频繁发生自然灾害和疫病流行的时期。这其中包括洪水、大火、饥荒等多种形式的大规模灾害，再加上天花等疾病爆发，不断侵蚀着人口资源，对经济活动造成巨大破坏，从而加速了整个社会结构的摇摆不安。