《天工开物》在明朝被列为禁书的原因，涉及多重层面。首先，它触犯了当时对异端邪说的极度警惕。宋应星的著作中，不仅解读了自然现象，还提出了一些农业生产改进的新观念，这些都与官方认定的教义相悖，因此遭到了排斥。此外，明朝实行科举制度，使得官员们必须通过考试才能晋升。在这背景下，《天工开物》的某些理论可能会影响官员的立场和利益，从而被视为有害。

此外，明朝还坚持儒家思想，其中包含“天命论”和“君权神授”，认为人类知识与技术是上天赐予，而非人类创造。这与《天工开物》中主张人力创造科技不符，因此被定性为异端邪说。此外，由于保守态度，对于外来文化和技术持谨慎态度，《天工开物》中的欧洲机械学、现代天文学等内容也同样遭受批判。

综上所述，将《天工开物》列入禁书名单，是由多方面因素驱动的，其中包括其挑战官方教义、可能威胁官员利益、与儒家思想冲突以及对外来文化技术的保守态度。尽管现在它不再受到禁止，但作为中国科学史上的宝贵文献，它仍然具有重要价值，为我们提供了了解古代科技发展的一扇窗口。