王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，或许看似平淡无奇，但它是中国封建王朝发展的一个重要转折点。过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法占据了主导地位，而黄仁宇则认为，这并非国家赋税过重所致，而在于法律与政府效能的低下。两千多年的中国历史，以道德代替法制到了明代达到了极点，黄仁宇通过撰写《万历十五年》，力求揭示这一观点。

在万历年间的大臣们，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人的故事都充满悲剧色彩。即使是当时的皇帝也只能采取无为而治的态度。在这种文官集团体制下，他们试图进行改革，却最终一一失败，大多数人遭受革职或入狱之辜。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞状态。这场由文官集团统治带来的不幸，对大明帝国来说，是一个前兆；更有宦官夺权的情形，让这个王朝走向衰败。

历史上，万历十五年虽然平凡，但其中发生了许多被后世忽视的小事件，它们看似微不足道，却是导致历史变迁的关键。此类因果关系恰恰是历史研究中的重点。通过对几个关键人物的描绘，《万历十五年》展现了这个已经崩溃的大明王朝悲惨命运，最终这些帝王将相都随着时间被遗忘。

尽管黄仁宇在《万历十五年》中深刻批判了以道德代替法律的问题——道德并非完美，不足以取代技术，更无法替代法律。他认为，明朝特征之一便是在于依赖意识形态作为统治手段，其影响遍及整个帝国，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。

从那以后，即1587年的开始，一种巨大的差距逐渐显现：西方帝国正在崛起，而东方帝国则向衰落滑去。这一年标志着东西文化之间日益拉开距离的一关口。