约20万年前，和县人在江浦一带生活。11000年前，溧水人开始进入氏族公社的生活。5000年前，北阴阳营原始居民转向母系氏族公社。4000年前，他们的社会结构发展为父系氏族公社。2100年前的夏朝建立时，南京属于扬州管辖区。

16世纪初期商朝兴起，而11世纪中叶西周建立时，南京被划入吴国版图。在570年的衡山之战后，吴国于今天高淳县境内修建了固城。在495年的夫差统治下，他在冶城山设立冶炼作坊，以铸造兵器。

472年范蠡在今中华门外长干桥西南筑“越城”。333年的楚威王灭越，并在石头山建立“金陵邑”，这标志着南京名为“金陵”的历史开始。而秦始皇东巡至丹阳（今江宁的小丹阳），将金陵邑改名为秣陵县。

211年孙权迁都至秣陵，并将其更名为建业。他还在石头山上建设了一座石头城，并设置了烽火台作为水军基地。229年孙权称帝并以国号吴，不久后迁都建业，为封建王朝首次占据此地。

230年代间孙权派遣卫温和诸葛直率领船队抵达夷洲（今址）。265年的晋军攻占石头城后，孙皓投降而吴国灭亡。不过，在翌年的280年代末期，他又回到了建业。280年代末期晋军再次攻占此地，此时的孟主投降而结束了他的统治。

282年代初期西晋设立了秣陵和建邺两县，而313代替司马愍帝命下的名字——司马邺，将建邺更名为建康。这一名称一直沿用到317岁，当这一地区由刘裕所建立的东晋政权控制期间，更改为了新名称——宋，这也是东晋灭亡的一部分事件。

446代历经多番战争之后，在那一年修筑了北堤并创建了玄武湖，这是玄武湖第一次被称呼这个名字的地方。此外，在527岁同泰寺落成，大量佛教寺庙遍布整个城市达到700余座高峰。此后的549岁寿阳镇将侯景发动叛乱，对市区造成严重破坏。

578岁陈宜帝举行阅兵仪式于玄武湖。而589岁隋文帝入侵并摧毁所有建筑物，使得整个城市完全消失于历史记载之中。在726岁唐代诗人李白游览过这里，这段历史也成为了他著作中的一个重要篇章之一。

937季度李昪建立起南唐，但很快就因为943季度他的去世与葬身祖堂山而告终。

975季度宋军进攻江宁府，最终导致李煜投降与南唐滅亡。

1034季度北宋健文宣王庙(夫子庙)修复完毕

1076季度新法改革期间知府王安石实行新政，其中包括泄洪填湖使田地扩大分给贫民耕种

1129季节金兵入侵本土领导者杜充弃守逃走，但通判杨邦义坚持不懈，被杀死

1130时代岳飞与金军激战牛头山

1275年度元朝征服雨花台并占领整体区域，将其重新命名为建康路

1279年度元朝征服完成、设置织染局

1366年度朱元璋围困应天府进行重构工作

1376-1385之间开始营造明孝陵项目

1402-1424之间朱棣篡位自立成为明成祖，从此定居该地区