在王小波的眼中，这本书是对《万历十五年》的新解读，尽管1587年，明朝的确经历了一些决定性时刻，但也有人认为这一年平淡无奇。黄仁宇则不同，他认为民穷之所以深重，不在于国家赋税过重，而在于法律和政府的低效。他通过撰写《万历十五年》，希望展现这一观点。

在那段历史里，有如张居正、戚继光、申时行和海瑞等明朝重臣，他们都以悲剧告终。即使是万历帝，也只能采取守株待兔的策略。在这种体制下，他们无法真正推动变革，最终多数人遭受了革职或入狱的惩罚。一群文官为了维护自己的集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。

文官集团的统治导致了大明帝国的一场不幸开始，加上宦官与文官之间权力的斗争，让整个王朝走向衰败。《万历十五年的》通过对几个关键人物的描述，展示了这个王朝悲剧命运如何逐渐形成。

黄仁宇批评道德不能代替技术，更不能代替法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段，将其渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。在那个时候，一切似乎都指向一个结局：中国与西方之间日益扩大的差距——西方崛起，而东方沉沦。而这一切，从某种意义上说，是从那一年开始徐徐展开。